Среди основных теоретических достижений Отдела прежде всего следует упомянуть солидные и широко известные специалистам систематико-таксономические исследования по насекомым, плоским червям и нематодам (построены системы ряда крупных таксонов плоских и круглых червей); а также установление основных закономерностей формирования фаун позвоночных животных материка и островов Тихого океана; концепцию видообразования и специфичности паразитов гипотезу становления современной лесной фауны птиц внетропической Азии и концепция речного континуума.      Ведущие сотрудники отдела зоологии (П.А. Лер, В.В. Богатов, Б.И. Лебедев) были инициаторами, активными исполнителями и руководителями создания первой в России интегрированной "Экологической программы" завершенной в 1991 г. ("Долговременная программа охраны природы и рационального использования природных ресурсов Приморского края до 2005 года"; Владивосток, Дальнаука: 1993) и принятой краевыми законодательными и исполнительными органами в качестве основного предпланового документа высшего краевого ранга. В создании этой приоритетной Программы принимали участие практически все сотрудники Отдела и Института.      Отдел зоологии БПИ располагает крупнейшими коллекционными фондами (свыше одного миллиона учтенных единиц хранения), в которых хранятся уникальные сборы насекомых (более 850 000 экз.), червей (более 23 000 ед. хр.) моллюсков, птиц (около 7500 тушек) и млекопитающих (более 33 тыс. ед. хр.) . Некоторые коллекции числятся среди наиболее полных и представительных собраний в мире; паразитологическая коллекция зарегистрирована в Международной Ассоциации зоологических коллекций (International Association of Zoological Collections - Washington, USA) в качестве депозитария международного значения.