Формально Лаборатория была организована в марте 1989 г. путем реорганизации бывшей тогда Лаборатории зоологии позвоночных животных. А до этого в течение 15 лет существовала в качестве орнитологической группы в рамках упомянутой Лаборатории с собственными штатом и тематикой НИР.